上一部中,熊猫阿宝(杰克·布莱克 配音)功成名就,成为名震四方的神龙大侠。平日里他随同师傅(达斯汀·霍夫曼 配音)以及盖世五侠:悍娇虎 (安吉丽娜·朱莉 配音)、猴王(成龙 J 配音)、快螳螂(塞斯·罗根 配音)、俏小龙(刘玉玲 配音)、灵鹤(大卫·克罗斯 配音)在和平谷修炼,生活悠哉游哉。这一日,一伙恶徒闯入山谷抢夺金属材料,在与他们姣手中阿宝意外产生幻觉,由此对自己的身世感到疑惑。
另一方面,恶徒的魁首白孔雀沈王爷(加里·奥德曼 配音)正图谋闯入王宫,称霸全中国。新的正邪大战拉开序幕,阿宝他们面临前所未有的挑战……这个一分为三,和以前的星主殿、元帅府、相阁三分天下有着本质的不同,它的不同在于,当初星主殿只占据着大义的名分,手里并没有直接掌控着军事力量,而现在的童月华手上却有十五万精军。